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PRIMERS

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O desenho de primers é o passo chave para uma reação de PCR bem sucedida. A capacidade de se verificar oligonucleotídeos sem interações não específicas é essencial para o desenvolvimento de testes para diagnóstico e a pesquisa científica. Quando se desenha primers para aplicações em PCR multiplex, seja ele convencional ou Real-time PCR, é essencial verificar o tamanho do amplicon, selecionar as seqüências senso e anti-senso livre de potenciais dímeros ou formação de alças intramoleculares, para que a reação seja totalmente eficiente. Este processo requer a utilização de ferramentas de bioinformática e experiência na confecção de primers.

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SÍNTESE DE OLIGONUCLEOTÍDEOS DISPONÍVEIS

CÓDIGO	PRODUTO	ESCALA DE SÍNTESE
COS-1	SÍNTESE DE OLIGO PADRÃO, LIVRE DE SAL (POR BASE)	1 umol
COS-2	SÍNTESE DE OLIGO PADRÃO, LIVRE DE SAL (POR BASE)	50 nmol
COS-5	SÍNTESE DE OLIGO PADRÃO, LIVRE DE SAL (POR BASE)	200 nmol
P1C-1	Primer + Purificação por cartucho fase reversa	1 umol
P1C-2	Primer + Purificação por cartucho fase reversa	50 nmol
P1C-5	Primer + Purificação por cartucho fase reversa	200 nmol
P1R-1	Primer + Purificação por HPLC de fase reversa	1 umol
P1R-2	Primer + Purificação por HPLC de fase reversa	200 nmol
P1A-1	Primer + Purificação por HPLC de fase iônica	1 umol
P1A-2	Primer + Purficação por HPLC de fase iônica	200 nmol

 

PURIFICAÇÕES DISPONÍVEIS: 

- Reverse Phase Cartridge Purification (RPC) - Purificação por cartucho de fase reversa:

Recomendado para oligonucleotídeos (primers) não marcados. Oferece aproximadamente 75% de pureza*. Contaminantes como sequências cortadas, sais de amônio e impurezas são removidos do produto final. Os oligos purificados por RPC são sintetizados com o grupo DMT ao final da seqüência, o que permite a separação por afinidade do grupo DMT à resina do cartucho. As seqüências cortadas, sem o grupamento DMT, não se ligarão a resina do cartucho e serão desprezadas. Em seguida, os oligos purificados serão eluídos do cartucho. Para oligos de 50 pares de bases ou menos, o RPC fornece um produto de comprimento completo. Para oligonucleotídeos marcados, como sondas fluorescentes, recomendamos o HPLC de fase reversa (RP) ou o HPLC duplo (AX/RP) HPLC.

- Reverse Phase HPLC Purification (RP-HPLC) - HPLC de fase reversa:
 
Adequado para eliminar contaminação fluorescente remanescente da síntese da sonda.  Quando não removida, a fluorescência na linha de base aumenta e impede a detecção da clivagem da sonda. Oferece aproximadamente 85% de pureza*, além de alto rendimento. Esta técnica é similar a purificação por cartucho de fase reversa, porém estas resinas fornecem maior capacidade de amostra.

- Anion Exchange HPLC Purification (AX-HPLC) - HPLC de troca iônica:

Adequado para eliminar falha de sequências quencher resultantes do acoplamento de base durante a síntese. Estas impurezas competem com a sonda para encontrar o amplicom e atrasam o ciclo.

- Double HPLC Purification (RP/AX) - HPLC de troca iônica seguido por HPLC de fase reversa:
Método utilizado quando é necessário processo de purificação mais rigoroso, para aplicações como em reações multiplex. Resulta em produtos com 90% de pureza*.

 

* A pureza final é determinada pela seqüência, tipo e comprimento dos oligos, e modificações selecionadas. O grau de pureza pode variar dependendo da complexidade do oligo.

 

MODIFICAÇÕES DISPONÍVEIS (extremidades 3', 5' ou interna):

 

DYE	Quencher	Spacer	Biotina	Outras
HEX	BHQ Dark Quencher abs 430-520 nm	Spacer 18 (PEG)	Biotin;5' Modification	RNA bases
TET	BHQ Dark Quencher abs 480-580 nm	Spacer 3 (C3)	C3 (Biotin); 3' Modification	Thiol
FAM	BHQ Dark Quencher abs 560-670 nm	Spacer (C6)	T (Biotin); Internal Modification	Amine
JOE	BHQ Dark Quencher abs 620-730 nm	Spacer 9 (PEG)	T (C6-Biotin); 3' Modification	Phosphate
ROX	---	---	T (C6-Biotin); 5' Modification	Uridine
TAMRA	---	---	---	Inosine
Methylene Blue	---	---	---	2'-O-Methyl
Fluorescein	---	---	---	---
Biosearch Blue	---	---	---	---
CAL FLuor Gold 540	---	---	---	---
CAL Fluor Orange 560	---	---	---	---
CAL Fluor Red 590	---	---	---	---
CAL Fluor Red 610	---	---	---	---
CAL FLuor Red 635	---	---	---	---
Pulsar 650	---	---	---	---
Quasar 670	---	---	---	---
Quasar 705	---	---	---	---